Công văn 6936/CT-QLTT: Cách mới giải quyết hoàn thuế GTGT, chỉ xử lý phần có rủi ro

Ngày 18/09/2026, Cục Thuế ban hành Công văn 6936/CT-QLTT nhằm thống nhất cách giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Điểm cốt lõi là thay đổi cách tiếp cận: từ kiểm soát theo cả hồ sơ sang kiểm soát theo đúng phần số tiền có rủi ro. Doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế cần nắm các điểm dưới đây.

1. Cảnh báo rủi ro không đồng nghĩa với kết luận vi phạm

Công văn nêu rõ: việc cơ quan thuế cảnh báo rủi ro với một hồ sơ hoàn thuế không có nghĩa là hồ sơ đó không đủ điều kiện hoàn, và cảnh báo rủi ro cũng không phải căn cứ để kết luận có vi phạm. Đây là ranh giới quan trọng: rủi ro chỉ là tín hiệu để kiểm tra thêm, chưa phải kết luận.

2. Chỉ xử lý riêng phần có rủi ro, phần còn lại vẫn được hoàn

Trường hợp trong số tiền đề nghị hoàn chỉ một phần có rủi ro, cơ quan thuế thông báo phần đó chuyển sang kiểm tra trước khi hoàn, còn phần còn lại, nếu đáp ứng đủ điều kiện, vẫn tiếp tục được giải quyết theo thủ tục hoàn thuế trước, kiểm tra sau. Cách làm này giúp tránh việc cả hồ sơ bị treo chỉ vì một hóa đơn hoặc một nhà cung cấp ở tầng sâu trong chuỗi cung ứng có vấn đề.

3. Không còn điều kiện "bên bán đã kê khai, nộp thuế"

Từ 01/01/2026, việc bên bán đã kê khai, nộp thuế GTGT không còn là điều kiện để xác định bên mua có được hoàn thuế hay không. Trước đây, đây là nguyên nhân khiến nhiều hồ sơ bị kéo dài do phải xác minh nghĩa vụ của nhà cung cấp.

4. Doanh nghiệp nên chuẩn bị gì?

• Rà soát nhà cung cấp trước khi nộp hồ sơ: ưu tiên hóa đơn từ đơn vị đang hoạt động bình thường, hóa đơn có thanh toán không dùng tiền mặt đúng quy định
• Tách bạch từng khoản đề nghị hoàn và lưu đầy đủ chứng từ theo từng hóa đơn, để khi một phần bị kiểm tra, phần còn lại không bị ảnh hưởng
• Chủ động giải trình khi nhận thông báo về phần có rủi ro, thay vì chờ cơ quan thuế kết luận
• Phân biệt rõ giữa "rủi ro cần giải trình" và "vi phạm", tránh tự điều chỉnh, rút hồ sơ khi chưa có kết luận

Bài viết tổng hợp theo nội dung Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/09/2026 của Cục Thuế. Thông tin tham khảo chung, không thay thế văn bản gốc. Liên hệ chúng tôi nếu doanh nghiệp bạn cần tư vấn lập hồ sơ hoàn thuế GTGT.